Pymol Apbs Binário Opções

Calculando a eletrostática Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) é um pacote de software para modelagem de solvatação biomolecular por resolver a equação de Poisson-Boltzmann (PBE). O PBE é um modelo contínuo popular usado para descrever interações eletrostáticas entre solutos em meio aquoso salgado. A eletrostática contínua desempenha um papel importante em diversas áreas da simulação biomolecular, incluindo: Simulação de processos difusórios para determinar a cinética de ligação ligando-proteína e proteína-proteína, Dinâmica molecular de solvente implícita de biomoléculas, Solvation e cálculos de energia de ligação para determinar ligando-proteína e proteína - constantes de ligação ao equilíbrio de proteínas e ajuda na concepção racional de fármacos e estudos de titulação biomolecular. APBS foi projetado para avaliar eficientemente propriedades eletrostáticas para tais simulações para uma ampla gama de escalas de comprimento para permitir a investigação de moléculas com dezenas a milhões de átomos. Também fornecemos modelos solventes implícitos de solvatação não-polares que explicam com precisão as interações solvente e solvente, tanto repulsivas quanto atraentes. Como calcular Electrostatics: Depois de configurar suas estruturas através da página Getting Structures Ready, você verá um link para executar seus resultados com o solucionador web APBS. Siga esse link e você será direcionado para a página da APBS. Pressione Iniciar para executar APBS usando o arquivo de entrada gerado pelo servidor Web PDB2PQR ou clique na caixa de seleção para ver as opções avançadas (mostradas abaixo). Linha de Comando Usando o arquivo de entrada APBS gerado pelo PDB2PQR (através da linha de comando ou baixado do servidor web), você pode executar APBS diretamente da linha de comando da seguinte forma: Plugin PyMOL APBS O pacote de software PyMOL molecular graphics pode executar APBS e Visualizar os potenciais eletrostáticos resultantes. Abaixo estão instruções para realizar uma demonstração básica de como ir de uma entrada de PDB para um lote de estrutura e potencial em PyMOL usando APBS. Gerando o PQR Gerar o arquivo PQR usando as etapas descritas em Getting Structures Ready Bem, continue o exemplo com fasciculina-2 (PDB ID 1FAS), uma neurotoxina de cobra que liga a acetilcolinesterase carregada negativamente. Carregue o arquivo PQR que você criou no PyMOL (File Open) e escolha sua representação gráfica favorita da estrutura molecular. Executando o Calcuation eletrostática Vá para o Plugin APBS Tools para abrir o plugin de cálculo APBS. Na guia Principal da janela Ferramentas do APM do PyMOL, selecione Usar outro PQR e navegue até (através do botão Escolher PQR Gerado Externamente:) ou insira o caminho para seu arquivo PQR. Esta etapa é necessária para garantir que você use os raios e as cargas atribuídas pelo PDB2PQR. Na guia Local APBS da janela Ferramentas APM do PyMOL, navegue até (via o local APBS binário: botão) ou insira o caminho para seu binário APBS local. Não é necessário fornecer um caminho para o APBS psize. py binário para a maioria das biomoléculas. Na guia Locais de Arquivo Temporário da janela Ferramentas do APM do PyMOL, personalize os locais dos vários arquivos temporários criados durante a execução. Isso pode ser útil se você deseja salvar os arquivos gerados para uso posterior. Na guia Configuração da janela PyMOL APBS Tools, clique em Definir grade para definir os espaçamentos da grade. Os valores padrão são geralmente suficientes para todas as biomoléculas, exceto as mais carregadas. Na guia Configuração da janela PyMOL APBS Tools, personalize os parâmetros restantes os padrões são normalmente OK. Na guia Configuração da janela PyMOL APBS Tools, clique no botão Executar APBS para iniciar o cálculo APBS. Dependendo da velocidade do seu computador, isso pode levar alguns minutos. O botão Executar APBS ficará desmarcado quando o cálculo estiver concluído. Note-se que as concentrações de 0,150 M para as espécies de íons 1 e 1 são muitas vezes úteis para garantir que as propriedades eletrostáticas não são excessivamente exageradas. Electrostática em PyMOL Alguns trabalhos têm sido feitos para adicionar exibição de superfícies de potencial eletrostático a PyMOL. Michael Lerner, da Universidade de Michigan, escreveu alguns suplementos PyMOL que permitem que PyMOL interfira com o programa de cálculo eletrostático APBS. Pode-se configurar um cálculo APBS a partir de PyMOL, em seguida, exibir as isosuperfícies positivas e negativas resultantes. Para usar esta versão especial do Pymol no núcleo em uma estação de trabalho Linux, basta digitar: Em seguida, no menu Assistente, selecione APBS Tools para configurar um modelo eletrostático e cálculo e selecione Eletrostática para exibir e personalizar os resultados. Cada um desses assistentes tem um botão de ajuda no caso do APBS Tools, o display de ajuda é realmente útil. Um esboço básico de como proceder: Use o site da San Diego Supercomputing Center para converter um arquivo PDB para o formato PQR necessário para APBS. Inicie PyMOL e selecione Ferramentas APBS no menu Assistente Na linha de comando PyMOL, use loadpqr file. pqr para ler no PQR criado acima. Clique com o botão esquerdo e mantenha pressionado o botão APBS Tools à direita da tela para exibir um submenu pop-up. Selecione Configurar para inserir a configuração para uma tarefa APBS. Convém examinar a documentação online do APBS. Clique com o botão esquerdo e segure em APBS Tools para selecionar Calcular. Clique no botão Calcular e aguarde um pouco, dependendo do tamanho da sua molécula. Uma vez que APBS tenha terminado, um apbsmap terá sido carregado que contém os resultados. Se já tiver executado o APBS num modelo e tiver um ficheiro. dx, pode ignorar a etapa de cálculo. Depois de carregar o assistente do APBS Tools, carregue o mapa existente através de: Select Electrostatics no menu Assistente No Assistente de Electrostatics, você pode selecionar diferentes níveis de potenciais positivos e negativos. Você também pode ativar uma superfície neutra para a molécula inteira usando o Tampão Vdw. Se você deseja exibir um nível isosuperfície que não esteja na lista popup, use os seguintes comandos: onde Nível representa o valor absoluto do nível desejado. Para tornar as superfícies transparentes, use o comando transparência: p. Para alterar a transparência para diferentes valores para diferentes isosuperficies, use o nome da superfície: p. Disclaimer Observe que essas ferramentas são o resultado de personalizações pessoais de alguém de uma versão obsoleta de PyMOL, tweaked para trabalhar no núcleo. Observe também que o programa APBS está atualmente na versão 0.3.1. Tudo isso significa que essas ferramentas são um trabalho em andamento. Se ele doesnt parecem estar fazendo algo certo, provavelmente não pode fazê-lo direito. A equipe do núcleo não pode fornecer ajuda detalhada com essas ferramentas. Volte à página principal do PyMOL. APPS, PDB2PQR, PyMol, VMD Índice: Introdução ao PDB2PQR Siga as instruções na nossa página Getting Structures Ready para acessar o servidor web online do PDB2PQR. Este programa muda o arquivo pdb para o formato pqr, adicionando hidrogênio faltando, alguns átomos pesados ​​perdidos, e otimizando a estrutura de proteína. Primeiro, siga as instruções no link acima para ir para o site PDB2PQR. Você já deve ter uma forma de proteína selecionada pdb. org em mente. (Meu exemplo será usar a proteína 2HNY) Desde que eu quero o meu arquivo para ser compatível com VMD, para as duas configurações chamado Pick a forcefield para usar: e Escolha um esquema de nomeação de saída para usar, escolha a opção CHARMM (PARSE também funciona ). Para executar com apbs, você precisa alterar a configuração em pdb2pqr para inserir espaços em branco entre nome de átomo e nome de resíduo, entre xey, e entre y e z Com PDB2PQR, infelizmente o programa exclui quaisquer ligandos dispersos que estão na molécula, O que significa mutação em conformidade um arquivo MOL2 deve ser tomada (que a maioria está disponível no site de banco de dados ZINC). Download de um arquivo PDB ou PQR para APBS offline Após executar o PDB2PQR a partir do site, clique no arquivo sob Arquivos de entrada com a etiqueta 14084693082.pdb (o número será diferente, mas terá um final. pdb). Isso deve iniciar um download (é útil para renomear o arquivo para 1FAS. pdb porque fica confuso quando você tem muitas seqüências diferentes de números para diferentes proteínas) Agora você deve baixar o mesmo arquivo numerado em arquivos de saída (o meu é chamado 1408469302. Pqr). Desta vez você não pode clicar nele (como ele só vai trazer a uma página da web com todas as informações no arquivo. Você deve clicar com o botão direito e Salvar link como este tempo. Também verifique se o arquivo baixado termina em um. pqr, mas mais uma vez O número não será o mesmo que nesta foto. Introdução ao APBS APBS é uma ferramenta útil para encontrar o campo eletrostático de uma proteína. Certos componentes precisam estar no lugar para APBS para trabalhar, incluindo espaços em branco deve ser no lugar Para executar uma proteína através de APBS (online) As etapas seguem as mesmas etapas em fazer uma estrutura PDB2PQR modelo de proteína, exceto por uma pequena diferença. Em seguida, clique em enviar, e ele irá levá-lo para a página para a proteína PDB2PQR runned. Na parte inferior da página, clique e aguarde até que o APBS seja executado e, em seguida, faça o download do arquivo. dx. gz, que é o fim da sessão do APBS Nota: Descompactar o arquivo. dx. gz pode ser feito usando qualquer programa de descompactação Configuração O seu computador para APBS AVISO LEGAL: ISTO É PARA WINDOWS USERS SOMENTE ( ) Para executar o APBS usando a linha de comando, você precisará primeiro baixar o binário APBS de sourceforgeprojectsapbs, bem como fazer o download da versão python versão 2 mais recente (python. orgdownloadreleases2.7.2 a partir de 882014). Por que usar a linha de comando Dá ao usuário muito mais poder sobre funções executáveis, imediatamente descompacta o arquivo, e é bastante simples de usar. Para fazer o diretório, basta copiar e colar C: Python27C: Python27ScriptsC: Utilpdb2pqr-windows-bin-1.9.0C: apbsbin e clique em ok. Agora você pode executar APBS Como executar o APBS a partir da linha de comando DISCALIMER: ESTE TUTORIAL ESTÁ USANDO UM COMPUTADOR WINDOWS E WINDOWS COMMAND PROMPT Primeiro, antes de executar o APBS através da linha de comando, você deve certificar-se de que seus arquivos de proteína desejada estão na mesma pasta O prompt de comando do apbs. Se APBS baixado corretamente, ele deve estar em sua unidade C () quando você abrir o computador a partir do menu iniciar. Clique na pasta APBS e, na pasta APBS, faça uma nova pasta para todas as suas proteínas, por favor, marque a pasta corretamente e lembre-se do nome da pasta. É importante lembrar que, ao colocar arquivos de proteína na pasta, você precisa colocar tanto o PQR quanto o arquivo IN correspondente. Os arquivos PQR e IN podem ser obtidos no servidor web PDB2PQR. (Um arquivo PQR é a informação sobre a proteína, enquanto que o arquivo IN é um arquivo de comando que diz ao APBS como calcular os campos eletrostáticos. O arquivo In é exclusivo para um arquivo PQR (como ele especifica seus comandos para apenas um arquivo PQR) E também contém outras informações, como dimensões e especificações de cálculo .. Ambos os arquivos são necessários para executar APBS) Um exemplo do servidor web pdb2pqr e o pqr e em arquivos Agora que as pastas estão configuradas, você pode abrir a linha de comando. Para abrir o menu Iniciar, digite cmd. exe e abra o prompt de comando esta é a execução da linha de comando para APBS. O prompt de comando deve ser semelhante a isso: Agora, digite espaço, cd, espaço, apbs e pressione enter. Agora você está na pasta APBS. Para chegar à sua pasta de proteínas, digite cd, espaço, digite a primeira letra do nome da pasta e clique em tab até que o nome da pasta apareça. Em seguida, digite enter (O que a tecla tab faz é encontrar todos os arquivos que começam com as letras que você digitou, por exemplo, se você digitou i, tab, o prompt de comando iria para baixo, em ordem alfabética, todos os seus arquivos na pasta que iniciam Com i) Agora que você está na sua pasta com seus arquivos PQR e IN, usando a tecla de atalho da guia (como mencionado acima), digite a primeira letra do arquivo IN desejado. Isso é muito importante o apbs não precisa do arquivo PQR, ele precisa do arquivo IN para operar. Uma vez que você encontrar o seu arquivo IN, aperte enter e APBS irá executar seus cálculos e salvar um arquivo DX (arquivo contendo coordenadas de campos eletrostáticos) em sua pasta. Você terminou de executar APBS Potencial de tamanho de memória e problemas de valor de moeda de dez centavos Você pode encontrar os valores de moeda de dez centavos passando pelo arquivo de entrada (.in). Você pode alterar os valores DIME de um arquivo APBS, passando por um editor de texto e alterar manualmente os valores padrão. A imagem acima mostra um arquivo. in de amostra, que pode ser obtido após a execução do PDB2PQR na proteína desejada. Os valores de Dime são as dimensões para a grade XYZ para a proteína. Cada ponto de grade requer cerca de 160B de memória, e para obter o número total se pontos de grade os elementos de grade x, y, z são multiplicados. O solver multi-grade itera sobre todos esses elementos para encontrar o potencial eletrostático em cada um desses locais. Os valores de dime padrão em PDB2PQR são baseados no tamanho da proteína. Para expandir em valores DIME, uma vez que um computador só sabe sobre 1s e 0s convenção é usado para codificar e decodificar valores para os bits e bytes na memória isso é muitas vezes chamado de um sistema de tipo. Um byte de 8 bits tem oito slots para um bit (1 ou 0), portanto, se você está considerando somente números positivos, ele pode conter um valor entre 0 (00000000) e 28 1 (11111111) que é 255 (embora 28 seja 256, E temos que subtrair um porque 0 ocupa um slot). O problema é que o APBS usou um inteiro assinado na versão 1.4 para armazenar o número total de elementos. Se o total tiver maior que 2 (n-1) - 1, onde n é a largura do inteiro (no nosso caso um int de 32 bits de largura assim 2 (n-1) 2,147,483,648) então o número transbordou e parecia um negativo número. APBS e visualização A proteína necessária para este tutorial PyMol (1FAS a. k.a Fasciculin-1). Fasciculina-1 é um inibidor da acetilcolinesterase (este composto termina a comunicação entre células musculares) encontrado no veneno da mamba verde. Isso permite que o potencial de ação não se acerte, o que provoca pequenas contrações musculares involuntárias (paralisa o sujeito injetado). Para configurar a molécula siga as instruções de Introdução ao PDB2PQR acima.